在信息安全与用户执行的便利性之间，两者往往背道而驰，然而GNOME网络安全团队组长Tobias Mueller却有不同的看法，他们认为在操作系统中，无谓的对话框非但不能增加安全性，反而会造成用户执行应用程序的麻烦，因此，他认为开发者设计软件操作流程时，应该从用户角度进行衡量。
Tobias举例，软件的开发者原先是美意，以弹出式窗口提醒，要用户留意再加以确认放行。其中最常见的情况，可能是由于企业采用了自己派发的凭证，导致网络链接的凭证错误，或是像是软件没有安全开发者署名的情形，这个时候，操作系统出现了弹出式窗口警示，但现实的情况是，用户可能才刚下载了安装文件正要执行，这样的警告让大多数用户难以理解，当然普遍来说都是想尽办法按下确定，消除这些窗口，让软件继续执行，所以这些警示窗口，实际上并没有如开发者的预期达到保护的效果。
他也引用了Ellison用户操作体验定律假说，每当因为网络安全考量，开发者每增加一个需要点击的按钮，就会吓跑一半的用户。 Tobias说，推送这种提示消息的做法根本是种错误，尤其有些对话框还让用户做出永久的决定，更是恶魔的行为。纵使后者是避免未来不断询问的解套机制，可是若是用户一旦勾选了不适当的项目，其影响的后果可是相当深远。
作为一个投入自由软件开发的人员，Tobias认为，以往曾经会觉得用极为复杂的手法保护自己，是一件非常酷炫的事情，但是现在他会想到，对于家中没有IT或是网络安全技术背景的亲属而言，根本无福享用这样的安全机制，因此，Tobias说，由于自由软件的开发，多半是自发性的开发人员参与，很容易从自己的需求进行设计，往往会忽略一般用户操作的场景，而这样的情况以往在X.org桌面环境上相当严重，会让这些想要想要尝试的用户裹足不前。
他也一群布鲁塞尔的大学生，想要以人工交换邮件的加密密钥为例，200个人在只有摄氏2度低温的冬天，站在户外长达好几个小时，仅仅是为了互相交换160比特的16进制密码。然而，这样的方法不仅极为麻烦，还可能会搞错，像是8就容易与B弄混。这也突显开发者可能认为是自得其乐的方式，但应用在一般用户上会是场灾难。
因此，Tobias认为，桌面环境的信息安全，应该在软件开发时，就一并纳入考量，而且在不影响用户的操作流程为前提，强化相关的防护。例如，在应用程序的部分，他们就采用了容器化（Containerise）的Flatpak措施，避免系统的内容遭到恶意访问行为攻击。
在Flatpak的环境中，这些应用程序只能在称为namespaces的沙箱里执行，因此除非系统开放了特殊权限，否则应用程序无权访问文件系统、网络，以及计算机的链接端口，因此不像用户帐户控制（UAC），必须经由计算机用户进行确认后放行，而是依据相关的原则，应用程序只能拥有得到许可的资源访问，至于大部分的执行方式都是在最小权限中运行。
再者，假冒USB设备的攻击手法，也相当常见，Tobias说，他们也在GNOME环境里，提供一些场景，自动限制不正常的USB设备加入情形，例如一般的计算机只有一个键盘，若是突然出现第2个键盘设备，GNOME就会禁止链接，此外，像是在屏幕锁定的状态，或是在外部网络的环境中，也会阻止添加链接的USB设备。