人体基因编辑是在编什么?5分钟搞懂基因神剪CRISPR

2018年11月,中国基因编辑宝宝引起举世哗然!这个事件的前因,要追溯到2012年横空出世的基因剪刀CRISPR,让人类从此可精准、快速、便宜的编辑DNA。但这把剪刀目前还有技术瓶颈,只适合治疗可拿出体外的免疫细胞。

编辑人体基因,就是修改人体DNA,主要动机是根治基因突变引发的疾病。

“但是,我们真的需要基因编辑来治病吗?”

事情是这样的:DNA是生命的蓝图,指挥细胞生产蛋白质,维持人体的生长与运行。当DNA的重要位置发生突变,“细胞工厂”运行会失控,就可能造成生理失调,甚至像白血病等重大遗传疾病。

“生病了,可以吃药。但基因突变造成的疾病,药物只能控制病情。”凌嘉鸿继续解释:“因为从蓝图就错了,细胞永远只能制造错误的蛋白质。想要根治,最好直接更正蓝图,修改DNA。”

基因编辑,可以从源头下手,找到错误的DNA片段,用一把分子“剪刀”切开,剔除这个错误的基因,或是在缺口处“粘贴”正确的DNA片段。

过去基因突变引发的疾病,药物无法根治,必须终身吃药。现代的基因编辑技术,可以彻底根治基因缺陷,就像用文书软件修改错误一样:找到错字(发现突变基因)、删调试字(剪切突变基因)、补上正确的字(粘贴正确基因)。

所以首先,必需要有一把精准、能够剪开DNA双螺旋的好剪刀,CRISPR就是当前最好用的一把。有趣的是,它来自细菌的免疫系统。

细菌里的基因剪刀

1987年,日本科学家在大肠杆菌的基因体发现一段古怪的规律串行,某一小段DNA(Repeat)会一直重复,重复片段之间又有一样长的间隔(Spacer),用途不明,科学家把这段串行称为CRISPR(clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats)。后来发现,许多细菌都有CRISPR,它是细菌免疫系统的一种机制,可以记忆曾经来犯的病毒。

想不到,这个看似不起眼的DNA片段,将会引爆基因编辑的大狂潮!

故事是这么开始的:当病毒入侵细菌,会把自己的DNA注入到细菌中,企图霸占细菌工厂的资源,复制新病毒,但细菌也不会乖乖挨打,它们的免疫系统可以识别、摧毁病毒的DNA。这是一场微观世界的闪电战,细菌的反击必须够快、够准,才有机会存活!

有些细菌侥幸存活后,会挑选一段病毒的DNA碎片,插入自己的CRISPR串行(增加一段Spacer),就像为病毒创建“罪犯数据库”。当病毒第二次入侵,细菌就能依靠CRISPR串行快速认出这种病毒,第一时间反杀,提高存活率。

细菌遇到病毒入侵,细菌的Cas9会剪切病毒的一段DNA,插在自己的基因组上,就好像为病毒创建“罪犯数据库”。

细菌是如何认出病毒的呢?首先,细菌会用旧病毒的DNA片段(Spacer)当模板,打造一条互补的引导RNA,例如病毒DNA的碱基是T、RNA是A,DNA是G、RNA是C,或是互相颠倒。引导RNA再利用这种互补关系,比对新病毒DNA片段,如果可以互补,表示新旧病毒相同。

然后,一种可以切割DNA的酵素Cas9(武装警察),会抓着这段引导RNA(嫌犯数据),前去“盘查”新病毒的DNA,看看有没有跟引导RNA互补的段落。这一次反过来,RNA是A,DNA是T;RNA是C,DNA是G,或是互相颠倒。

一旦找到了,Cas9立刻剪开“被认出”的DNA片段。DNA被剪断摧毁,病毒就没戏唱了。这种细菌的免疫机制,称为CRISPR-Cas9。

基因神剪CRISPR

这么基础的细菌免疫学,跟基因编辑有什么关系呢?想想,基因编辑的关键是:找到一把可以切开DNA,又不会随便乱剪的分子级剪刀。细菌的Cas9酵素,凭着一段引导RNA,就能精准“喀擦”锁定的DNA片段。好剪刀,不用吗?

实务上的操作方法很简单:先将Cas9做好、放入冰箱,想要剪某段DNA,就订做一条互补的引导RNA。然后将Cas9解冻、与引导RNA结合,再用电击的方式进入细胞,让它去剪切错误的基因。

坏基因剪切来了,怎么粘贴好的基因?因为细胞天生会自动修补受损的DNA,只要把正确的基因送进细胞核,就有机会被细胞拿来修补Cas9剪切的断口,完成基因编辑!

基因编辑技术大跃进

CRISPR不是第一把基因剪刀。早在1990年代,科学家就开发了许多种能“剪开”DNA的酵素。每种酵素有自己的特殊结构,只能跟特定的DNA片段结合,借此精准切割目标基因。只不过,如果研究者想剪开另一段DNA,即使串行只有一点点差异,也要花费两三个月重新设计、组装全新的酵素,技术复杂、耗时又花钱。

直到2012年,科学家找到CRISPR这把神剪!它不像过去的酵素剪刀:剪一种基因,设计组装一把酵素剪刀。CRISPR从头到尾只用一把万能酵素剪刀Cas9,加上一条引导RNA,就能切割所有的DNA。目标基因换了,订购一条RNA就好,不需要重新设计复杂的酵素,技术和价格门槛都非常低。

所以CRISPR一问世,立刻铺天盖地应用在细菌、真菌、动物、植物、人类医学。2010年有关CRISPR的论文不到50篇,到了2015年,已暴增到1,100篇。

基因编辑治疗免疫疾病

“既然CRISPR这么好用,是不是可以终结所有的遗传疾病了?”可惜的是,这把剪刀还有很多技术上的瓶颈,还不适合直接治疗人体细胞。

“最重要的瓶颈之一:这把细菌的基因剪刀用在人体的DNA,不是百分百准确。”凌嘉鸿慎重提醒。

Cas9能辨认的串行是23个碱基,但人体DNA碱基串行有65亿个,Cas9想要找到正确的串行,宛如大海捞针。

以统计学方法来算,要从65亿个碱基串行里找到一条独一无二的串行,长度至少要28个,低于这个数字,找到的可能只是相似的串行,因此Cas9无法保证统统剪对位置。当Cas9切错位置,可能造成难以想象的副作用。

“目前比较安全的做法,是先从病人体内取出细胞修改,确定没问题再放回体内。”凌嘉鸿说。不过,大部分细胞、组织都不可能任意取出,只有随时悬浮在血液中的免疫细胞,抽血就能取得。如果有人免疫细胞先天不足,可以先把它们取出体外,修改基因,例如把T细胞取出来,“教会”它们癌细胞长什么样子,再把“变聪明”的T细胞放回体内,找出癌细胞进行摧毁。

目前基因编辑还不适合直接编辑人体内的细胞,比较安全的做法是把细胞拿出,在体外编辑,例如:修正免疫细胞的基因,治疗免疫疾病。

最近几年,很多医药或癌症研究都转向CRISPR,像中国很早就开始将CRISPR搭配免疫疗法,美国、欧洲也渐渐跟上。CRISPR还可用在干细胞,先从病人身体取出干细胞,先在体外进行基因编辑,再放回体内分化成各种健康细胞,更是潜力无穷!

(首图来源:shutterstock)